Suomen Fysioterapeuttien edeltäjä, Suomen Lääkintävoimistelijain yhdistys, perustettiin 6.3.1943. Uuden yhdistyksen puheenjohtajana toimi Aina Wilskman ja jäseniä oli perustamisvaiheessa 41. Alkuvaiheessa yhdistyksen tärkeimpiä tehtäviä olivat aiemmin lakkautetun lääkitysvoimistelijakoulutuksen uudelleen käynnistäminen sekä lääkintävoimistelijoiden virkojen perustaminen sairaaloihin. Tämän lisäksi perustettiin propagandatoimikunta, jonka tehtävänä oli saattaa ammattia tunnetuksi yhteistyössä Suomen Lääkäriseuran kanssa.
Vuosikymmenen lopulla käynnistyi myös kansainvälinen yhteistyö sekä Pohjoismaiden kanssa että maailmanlaajuisesti. Maailmanjärjestö WCPT perustettiin vuonna 1951. Suomi oli mukana perustajajäsenenä.
Suomen Lääkintävoimistelija – Finlands Medikalgymnast -lehti perustettiin vuonna 1953. Vuonna 1957 yhdistys sai oman jäsenmerkin. Vielä nykyäänkin käytössä olevan merkin suunnitteli arkkitehtiylioppilas Jouko Heikkinen.
Sairaaloissa työskennelleet lääkintävoimistelijat olivat 60-luvulla tyytymättömiä palkkaansa, ja heitä kehotettiin siirtymään paremmin palkatulle yksityissektorille. Vuonna 1965 yhdistys pääsi työmarkkinapöytään ja paransi edunvalvonnallisia asemiaan.
1960-luvulla yhdistys muuttui lopulta Suomen Lääkintävoimistelijaliitoksi. Yksittäiset lääkintävoimistelijat kuuluivat paikallisyhdistyksiin, jotka muodostivat liiton. Ensimmäiset paikkallisyhdistykset olivat Tampere, Etelä-Häme ja Keski-Suomi. Itsenäinen Turun Lääkintävoimistelijain yhdistys oli perustettu jo ennen liittoa, vuonna 1927. Myös harrastekerhot muuttuivat yhdistyksiksi ja liiton yhteistyökumppaneiksi, ensimmäisinä Manuaalisen terapian yhdistys ja CP-terapiayhdistys.
Yhteistyö muiden terveydenhuollon ammattijärjestöjen kanssa johti Tehyn perustamiseen vuonna 1982. Tehyn tarkoituksena oli hoitaa keskitetysti taloudellinen edunvalvonta. Yksittäiset ammatilliset järjestöt, Suomen Lääkintävoimistelijaliitto mukaan lukien, hoitaisivat edelleen ammatillisen edunvalvonnan. Molemmat järjestöt olivat itsenäisiä ja yksittäinen jäsen saattoi kuulua joko molempiin tai vain toiseen.
Lääkintävoimistelijan tutkintonimike muuttui fysioterapeutiksi vuonna 1993 ja ammattinimike vuonna 1994. Samalla liitonkin nimi päivittyi Suomen Fysioterapeuttiliitoksi. Lääkintävoimistelija–Fysioterapeuten -lehden uudeksi nimeksi tuli Fysioterapia vuonna 1991.
Hieman ennen vuosituhannen vaihdetta ammattikunnan asema oli vakavasti uhattuna. Lakiehdotuksessa esitettiin fysioterapeuttien poistamista kokonaan terveydenhuollon laillistettujen ammattien joukosta. Liiton aktiivisen toiminnan ansiosta laillistus kuitenkin säilyi.
2000-luvun puolivälissä liiton nimeksi tuli Suomen Fysioterapeutit – Finlands Fysioterapeuter ry. Samalla liiton organisaatiorakennetta päivitettiin. Alueellisten jäsenyhdistysten lisäksi myös erikoisalayhdistykset saattoivat nyt hakea liiton jäsenyyttä. Hieman myöhemmin mahdollistettiin myös yksittäisten fysioterapeuttien ja fysioterapiaopiskelijoiden suora henkilöjäsenyys liittoon.
Vuonna 2015 liiton edustajisto teki ratkaisevan päätöksen siirtymisestä takaisin alkuaikojen ammattiliittojuurille, koska Tehyn ajama hoitotyön näkökulma ei tuntunut enää sopivalta fysioterapeuteille. Muutos toteutettiin perustamalla Kuntoutusalan Asiantuntijat ry yhteistyössä Suomen Toimintaterapeuttiliiton kanssa. Samalla luovuttiin asemasta Tehyn yhteistyöjäsenjärjestönä ja siirryttiin keskusjärjestö STTK:n alaisuudesta Akavaan. Muutos toi merkittävän parannuksen liiton mahdollisuuksiin vaikuttaa mm. fysioterapeuttien työehtoihin ja fysioterapian asemaan.
Suomen Fysioterapeutit on fysioterapeuttien ammattiliitto. Liitolla on vahva asema ja se on koko 75-vuotisen historiansa ajan ollut ainoa ammatillinen järjestö Suomessa, joka toteuttaa edunvalvontaa nimenomaan fysioterapian ja kuntoutuksen näkökulmasta.
