Palkkaan liittyvät kysymykset ovat yleisimpiä kysymyksiä, mitä liitolle tulee. Vastaus riippuu työpaikasta ja siellä käytössä olevasta palkkausjärjestelmästä, joka määräytyy työehtosopimuksen perusteella tai sopimalla työnantajan kanssa.
Kuntien ja kuntayhtymien julkisen sektorin työpaikoissa fysioterapeuttien kohdalla on käytössä Kunnallinen työehtosopimus KVTES ja yksityissektorilla yleisimmin Terveyspalvelualan työehtosopimus TPTES.
Fysioterapia-alalla pienyrityksissä ei ole kaikkia työnantajia sitovaa työehtosopimusta, mutta järjestäytymättömät työnantajat voivat halutessaan noudattaa esimerkiksi Terveyspalvelualan työehtosopimusta joko kokonaan tai osittain.
Jos palkkausjärjestelmä ei perustu työehtosopimukseen, siitä sovitaan työnantajan ja työntekijöiden kesken työsopimuksessa. Lainsäädännössä ei ole määritetty minimipalkkaa. Työstä on maksettava kuitenkin alalle tavanomaisena pidettävää ja työn vaativuuteen nähden kohtuullista palkkaa. Työnantajan tulee noudattaa palkkauksessa johdonmukaisuutta ja tasapuolisuutta.
